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E だと、a protein in quality と a protein in wheat とを比較して、前者のほうが高い（何が？ 不明．．．）という解釈の余地が残ります。もの凄くこじつけのような気がしますが、GMAT 英語では△です。
一方、B では、protein in rice と protein in wheat とを比較して、前者の方が of higher quality だと結論を述べていて、まったく他の解釈の余地がありません。
GMAT の比較では、「主語＋名詞１＋than 名詞２」という形になっていて、意味的には主語と名詞２とを比較しているんだろうけれど、名詞１と名詞２とを比較できる余地が残る、というのがよくあります。たとえば、
Tom has a more expensive car than Peter.
など。明らかに Tom と Peter との比較だと頭では分かりますが、あら探しをすると、「Tom は car と Peter（奴隷か？）とを持っていて、car の方が more expensive である」という解釈も、しようと思えば出来るのです。
で、than 以下に動詞を付け足してあげると、主語と名詞２との比較だということが明確になります。
Tom has a more expensive car than Peter does.
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