Re:問題まちがえていました・・・

> that を関係代名詞ととった場合、前置詞が that の前に来るのはおかしい。よって、that は単なる名詞節ととって、意味的には“in a point that ...”みたいな理解でいいんでしょうか？
つまり、「違う」ことを説明する副詞節である、と。

その通りだと思います。

in that SV = 「SV という点において」(副詞節)です。

A koala's pouch differs from a kangaroo's in that a koala's opens facing down.

「コアラの袋は下に向いて開いているという点において、コアラの袋とカンガルーの袋は異なる」