Re:TOEFLグラマー問題

> The scientific method is a system [which] a problem or challenge [is] identified and possible solutions are created and tested, [with] the final results evaluated to determine the best approach to the [resulting] theory.
>
>withの使い方もおかしいのかなと思ったり・・・。後ろにS+Vがあるので。

「evaluated」は単なる過去分詞（の形容詞的用法）で「results」に掛かっているのでしょう。ＳＶだとしても時制が合わないでしょ。

>are createdがどの主語にかかっているのか不明です（勝手にsolutionsに掛かってるのかなと推測してますが）

「are　〜」は関係代名詞説の中のＶでＳが「possible　〜」なのでは？

サッと見たところでの印象で確信は持てませんが、そう判断しました。
間違えていたらお恥ずかしい限りですが、長本氏著の定番文法書２冊には取り組まれたでしょうか？？？