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２は、
A recent study of ancient clay deposits has provided new evidence supporting the theory that <global forest fires ignited by a meteorite contributed to the extinction of the dinosaurs and many other creatures some 65 million years ago.>
で、global forest fires がSで、contributedがVですよね。文意は通っています。
では、「なぜ３でいけないか？」ですが、一つは、the theory以下でtheoryの中身を説明するときに、of global forest fires thatと続くのがなんともいえず、ちょっと回りくどい気がします。（＾＾；
きっと、３の両方のthatがfiresにかかっていると考えたのですよね?厳密に文法的に間違っているとはいえない気がするのですが（お気持ちは分かるのですが）、もし”最適なものを選べ”といわれたら、２の方が分かりやすいし、自然ですよね。
但し、the theory of relativity（相対性理論)のようにof〜というのを使わないわけではありません。説明が長くなるときはthat節を使った方がいいですよ、ということなのでしょう。
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